Одређивање антитела на микросомалну фракцију штитне жлезде користи се за дијагностиковање аутоимунског тироидитиса и хипотироидизма, у којем се повећава ниво антитела у крви. Антитела штитне микрозомима формирају имуне комплексе на површини ћелије, активирајте допуну и цитотоксичне лимфоците, што доводи до уништења ћелија и формирања упалног процеса у штитњаче.