Хумани папилома вирус (ХПВ) представља озбиљну претњу. Дијагностичко тестирање је неопходно да би се утврдио сој инфекције и њен онкогени ризик. Ове информације омогућавају развој најприкладнијег и најефикаснијег плана лечења.
Дијагноза хламидије помоћу ПЦР-а је најосетљивија и најспецифичнија метода која се тренутно користи у лабораторијама. Њена осетљивост је 95-97%, а специфичност 95-98%.
Микоплазме се сматрају опортунистичким патогенима. Оне перзистирају и паразитирају на мембранама епителних ћелија и могу бити локализоване и екстрацелуларно и интрацелуларно.
ПЦР омогућава директно откривање гонококне ДНК и квантификацију њене концентрације у узорку. Узорци могу да укључују спутум, течност за лаваж, урин, аспирате из различитих органа и цисте итд.
Дијагностичка осетљивост ПЦР-а за детекцију Helicobacter pylori у биопсијама желудачне слузокоже је 88-95,4%, специфичност је 100%; у копрофилтратима - 61,4-93,7% и 100%, респективно.
За разлику од серолошких метода за дијагностиковање туберкулозне инфекције, које детектују антитела на Mycobacterium tuberculosis, PCR омогућава директно откривање ДНК Mycobacterium tuberculosis и квантитативно изражавање њихове концентрације у тест материјалу.
Недавно се за дијагностиковање херпесне инфекције користи детекција ДНК HSV 1 и 2 у материјалу из везикула и чирева коже или слузокоже (укључујући коњунктиву очију) коришћењем PCR методе (веома осетљива, специфична и брза дијагностичка метода).
Директно квантитативно одређивање ХИВ РНК помоћу ПЦР-а омогућава прецизније предвиђање брзине прогресије болести код ХИВ-инфицираних особа него број CD4+ ћелија, а самим тим и прецизнију процену њиховог преживљавања. Висок број вирусних честица обично је у корелацији са тешким оштећењем имунитета и ниским бројем CD4+ ћелија.