Сваки примарни липопротеин карактерише присуство појединачног протеина (аполипопротеина) својственог само њему. Аполипопротеини се означавају латиничним словима, а неки од њих представљају фамилију протеина и додатно су означени бројевима (на пример, апо-А1, апо-А2, итд.).