ХЦВ геном садржи позитивно наелектрисан једноланчани РНК која кодира 3 структурно (нуклеокапсидну протеин језгра и нуцлеопротеинс Е1-Е2 коверат) и 5 структуралне (НС1, НС2, НС3, НС4, НС5) протеине. Сваки од ових протеина се синтетишу антитела налазе у крви пацијената са хепатитисом Ц.