Сви пробиотици су подељени у неколико група, зависно од тога која је основа класификације. Пробиотични састав може садржавати неколико компоненти, у том погледу изоловани су монокомпонентни препарати који имају само једну специфичну врсту бактерија. Ови микроорганизми су несумњиво корисни за црева, нарочито за микрофлоре.