Одређивање узрочника је кључно за потврђивање дијагнозе пнеумоцистозе. Основни материјал за студију - спутум, бронхијалних секрета, испирања добијених прањем бронхијалне или бронхоалвеоларним пресеци плућа ткива размесено трансбронцхиал, перкутана или отвореном биопсијом. Најчешће, због тешког стања пацијента, ове манипулације се не спроводе како би се избегле компликације.