Менингококус је грам-негативне глобуларне ћелије пречника 0.6-0.8 микрона. У млазима припремљеним од материјала узетог од пацијента, они су у облику зрна кафе, често лоцирани у паровима или тетрадима, или насумично, често унутар леукоцита - непотпуна фагоцитоза.